Pesantren Riset Al-Muhtada memiliki beberapa program untuk mencapai tujuannya dalam mencetak mahasiswa unggul yang berprestasi dan berakhlak mulia. Program-program pesantren yang ditawarkan antara lain:
- Kajian Agama: Tauhid, Tafsir, Hadits, Fiqh, dan Akhlaq
- Kajian Sosial dan Analisis Kritis Masalah Aktual
- Pelatihan Riset dan Menulis Karya Ilmiah
- Pelatihan Bahasa Inggris dan Bahasa Arab
- Pelatihan Presentasi dan Public Speaking
- Program Penelitian dan Pengabdian Masyarakat secara Berkala
- Bimbingan untuk Mendapatkan Beasiswa Studi Lanjut S2/S3 di Dalam dan Luar Negeri
Dewan Pengajar/Asatidz:
- Dr. Dani Muhtada, M.Ag., M.A., M.P.A.
- Dr. Imam Baehaqie, M.Hum.
- Hikmiyatin Jalilah, S.Ag., M.Ag.
- Asma Luthfi, S.Th.I., M.Hum.
- Ayon Diniyanto, S.H., M.H.
- Dwi Wisnu Kurniawan, S.H,
- Rikha Zulia, S.Pd.
- Wihda Ikvina Anfaul Umat, S.Pd.
- In’am Zaidi, S.H.