Pesantren Riset Al-Muhtada memiliki beberapa program untuk mencapai tujuannya dalam mencetak mahasiswa unggul yang berprestasi dan berakhlak mulia. Program-program pesantren yang ditawarkan antara lain:
- Kajian Agama: Tauhid, Tafsir, Hadits, Fiqh, dan Akhlaq
- Kajian Sosial dan Analisis Kritis Masalah Aktual
- Pelatihan Riset dan Menulis Karya Ilmiah
- Pelatihan Bahasa Inggris dan Bahasa Arab
- Pelatihan Presentasi dan Public Speaking
- Program Penelitian dan Pengabdian Masyarakat secara Berkala
- Bimbingan untuk Mendapatkan Beasiswa Studi Lanjut S2/S3 di Dalam dan Luar Negeri