Pesantren Riset Al-Muhtada menyediakan beberapa fasilitas, di antaranya :
- Bebas biaya asrama dan biaya pendidikan
- Asrama Putra dan Putri yang terpisah
- Asrama yang dekat dengan kampus UNNES
- Bimbingan Intensif dari para pendidik yang bergelar S2/S3 dari dalam dan luar negeri.